Mae cydweithio rhwng capeli Cilcennin a Dihewyd yn mynd yn ô1 bron gant a hanner o flynyddoedd. Unwyd y ddau gapel yn y flwyddyn 1863 ac yn yr amser yma mae yna naw gweinidog wedi ein gwasanaethu. Ar adeg uno'r ddau gapel gwahoddwyd y Parchg. Thomas Jones, brodor o Drewen yn weinidog arnom.
Yna, yn y flwyddyn 1884 daeth y Parchg. Thomas Jones arall, o Goleg y Bala atom, ond byr fu ei arhosiad of - pedair blynedd - felly, yn y flwyddyn 1889 rhoddwyd galwad i'r Parchg. Cadfwlch Davies o Goleg Caerfyrddin. Brodor oedd ef o Lanfihangel-ar-arth a bu yn gweinidogaethu arnom am tua wyth mlynedd.
Yn 1898 rhoddwyd galwad i'r Parchg. J.T Parry o'r Barri ar y pryd, and yn enedigol o Blaenau Ffestiniog. Priododd ef a merch o Dalsarn a bu'n byw gyda'i deulu yn Brodawel, Ciliau. Dyma'r adeg y daeth arholiadau'r Ysgolion Sul i fodolaeth, sydd yn dal mewn grym hyd heddiw.
Symudodd J.T Parry ymlaen i Faesteg yn y flwyddyn 1910. Ymhen dwy flynedd, ym 1912 rhoddwyd galwad i'r Parchg. Cennech Davies, brodor o Langennech, bardd o fri, ac yn ystod ei weinidogaeth ef cafwyd trwydded i briodi yng Nghapel
Seion. Bu ef yn weinidog yma am naw mlynedd cyn symud i Gwyddgrug a Brynteg.
Bu'r Capel eto heb weinidog am yn agos i dair blynedd cyn rhoi galwad i'r Parchg. D. Jenkins Jones yn 1912. Brodor o Gwyddgrug ger Pencader oedd a bu ef a'i briod yn byw yn Nhy Cornel Dihewyd. Wedi un mlynedd ar hugain yma bu farw yn 63 oed ac fe'i claddwyd ym mynwent Bethlehem Dihewyd.
Dwy flynedd yn ddiweddarach, rhoddwyd galwad i'r Parchg. Emlyn Hopkins a bu ef yn yr ofalaeth hyd y flwyddyn 1959 cyn symud ymlaen. Mae'n debyg ei fod of wedi traddodi ei bregeth gyntaf ym mhulpud Merea, Bynea, ac yn yr un pulpud traddododd ei bregeth olaf cyn iddo farw trannoeth ar ei aelwyd yn Llwynhendy yn 75 mlwydd oed.
Ymlaen i'r flwyddyn 1960, rhoddwyd galwad i'r Parchg. John MacLaughlan oedd yn fyfyriwr allan o'r coleg. Fe'i hordeiniwyd yn weinidog yma a bu ef a'i wraig Mena yma am naw mlynedd, ac yn ystod y cyfnod ganwyd eu mab Huw. Yn ddiweddarach, wedi symud i'r Orllwyn, ganwyd eu merch, Catrin.
Yn y flwyddyn 1970 rhoddwyd galwad i'r Parchg. Howell Mudd i fod yn weinidog arnom a bu ef a'i briod yma hyd y flwyddyn 1983.
Ym mis Medi 1992 cynhaliwyd cyfarfod o'r aelodau gan fod cyflwr Capel Seion yn dirywio. Daeth nifer fawr o aelodau ynghyd ynghyd a phenderfynwyd dechrau ar y gwaith o adnewyddu. Daeth nifer o wirfoddolwyr at ei gilydd yn ystod yr wythnos ar y Sadyrnau fel y gellid cwblhau'r gwaith, gan fod pawb yn benderfynol fod yn rhaid cadw'r capel ar agor.
Roedd y capel wedi ei adnewyddu ym 1775, 1835, 1859 ac eto ym 1992, ac fe'i ail agorwyd ym mis Ebrill 1993. Roedd y to a'r llawr wedi eu hadnewyddu, a gwnaed corau newydd hardd gan grefftwr lleol. Erbyn hyn mae'n bleser gweld cyflwr y capel.